আওয়ামী লীগ সরকারের আমলে আর্থিক খাতের নানা অনিয়মে নাফিজ সরাফতের নাম বারবার উঠে এলেও ধরাছোঁয়ার বাইরে তিনি ছিলেন ।
অভিযোগে বলা হয়, স্থানীয় সরকার বিভাগের অনুমোদন ছাড়াই কম্বল ক্রয় দেখিয়ে অর্থ আত্মসাৎ, রাজস্ব তহবিলের অর্থে এফডিআর করতে চাপ, পছন্দের ঠিকাদার ছাড়া কাজ না করে অর্থ আত্মসাৎসহ অন্তত ১২টি অনিয়মের অভিযোগ রয়েছে তার বিরুদ্ধে।